学院现有学一级学科硕士学位授权点、硕士专业学位授权点和心理学一级学科专业硕士学位授权点。学一级学科是“十三五”“十四五”省重点学科，其中“十三五”期终验收“优秀”，“十四五”中期检查获“优秀”等次，近几年软科排名进入前30%。学科聚焦“情境情感、名师成长、现代职教”等领域，助推李吉林情境、李庾南教学法，拓展张謇职业思想实践，以本土化研究推进了中国学建设；为南通培养出6位国家“万人计划”教学名师、30位江苏省教学名师、39名江苏人民家（苏教名家）培养对象、67%的中小学校长和62%骨干教师，催生了“南通现象”；积极为地方提供服务和智力支持，是南通“之乡”建设的重要智库。

学一级学科下设“学原理、课程与教学论、技术学、教师学、学前学、职业技术学、高等学、心理”八个二级方向；专业硕士下设“小学、学前、现代技术、心理健康、学科教学（语文、数学、英语等）”方向领域。现有江苏先进典型研究中心、南通大学心理实验中心、南通大学教师技能实训中心、南通大学数字媒体实验中心四个省部级教学科研平台， 是中陶会情感文明专委会理事长、秘书长单位，设有朱小蔓情感研究中心、李吉林情境研究院等11个研究院所和1家现代技术博物馆，与地方合作建有数学史与数学（HPM）工作室、情感工作室、幼儿园课程改革研究中心，承办《教师与发展研究》学术刊物。（更新于2024年）